Septik funguje ako biologický systém, ktorý prirodzene rozkladá organický odpad. Kľúčovým prvkom sú baktérie, ktoré premieňajú pevné nečistoty na jednoduché látky. Ak ich počet klesne alebo sú oslabené nevhodnými chemikáliami, môže sa zvýšiť tvorba kalu, objaviť zápach alebo spomaliť odtok.